Dowództwo Gwiezdnej Floty mieści się w San Francisco na Ziemi. Jego zadaniem jest sprawowanie kontroli i podejmowanie decyzji dotyczących wszystkich aspektów Gwiezdnej Floty, począwszy od operacji militarnych skończywszy na badaniach naukowych i eksploracji kosmosu. Decyzje podejmowane przez Dowództwo Floty mają wpływ na całą Federację i losy Kwadrantu. Dlatego też oficerowie służący na najwyższych we Flocie stanowiskach muszą cieszyć się nieposzlakowaną opinią. Najmniejszy błąd lub wada charakteru dyskwalifikuje ich jako kandydatów do pełnienia tego rodzaju funkcji. Dowództwo Floty Gwiezdnej cieszy się sporą autonomią, ale bezwzględnie podlega władzom cywilnym -prezydentowi Federacji oraz Radzie Federacji.